Kuten monet muutkin Sorbus-suvun jäsenet, myös Borbásinpihlaja voi kohdata erilaisia terveyshaasteita kasvunsa aikana. Sairauksien ja tuholaisten tunnistaminen varhaisessa vaiheessa on avainasemassa vaurioiden minimoimiseksi. Useimmat ongelmat johtuvat joko epäsuotuisista kasvuolosuhteista tai alueellisista hyönteispopulaatioiden vaihteluista. Terve ja hyvin ravittu puu on aina paras puolustus kaikkia ulkoisia uhkia vastaan.
Sienitaudit, kuten pihlajanruoste, voivat aiheuttaa esteettistä haittaa ja heikentää puun yhteyttämistehoa. Ruoste ilmenee yleensä oransseina täplinä lehdillä loppukesästä, ja se vaatii usein väli-isännäkseen tiettyjä katajalajeja. Myös lehtilaikkutaudit voivat vaivata puuta kosteina kesinä, jolloin ilmankierto latvustossa on riittämätöntä. Säännöllinen harvennus ja pudonneiden lehtien poistaminen syksyllä auttavat merkittävästi vähentämään tautipaineita seuraavana vuonna.
Tuholaisista yleisimpiä ovat erilaiset kirvat ja kempit, jotka imevät kasvinesteitä nuorista versoista ja lehdistä. Voimakas kirvaesiintymä voi aiheuttaa lehtien rullautumista ja kasvun hidastumista, mutta harvoin se on puulle hengenvaarallinen. Myös pihlajanmarjakoi voi pilata sadon munimalla kehittyviin marjoihin, mikä on harmillista varsinkin, jos marjoja halutaan hyödyntää. Luonnollisten vihollisten, kuten leppäkerttujen ja lintujen, suosiminen puutarhassa on tehokkain tapa pitää tuholaiskannat kurissa.
Ennaltaehkäisy on aina hoidollisesti helpompaa ja edullisempaa kuin laajojen epidemioiden torjunta kemiallisesti. Puun mekaanisten vaurioiden välttäminen, kuten ruohonleikkurin kolhujen estäminen, sulkee pois monia bakteerien ja sienten sisäänpääsyreittejä. Huolellinen työvälineiden desinfiointi leikkausten välillä estää mahdollisten tartuntojen leviämisen puusta toiseen. Kun puu kasvaa sille sopivalla paikalla ja saa riittävästi vettä, sen omat puolustusmekanismit toimivat tehokkaasti useimpia hyökkääjiä vastaan.
Tarkka diagnosointi vaatii puun säännöllistä tarkastelua läheltä, jolloin pienetkin muutokset tulevat huomatuiksi. Jos huomaat puussa kuorihaavaumia, epätavallista pihkavuotoa tai äkillistä oksien kuivumista, on syytä epäillä bakteeripoltetta tai muuta vakavampaa tautia. Tällöin saastuneet osat on poistettava välittömästi terveeseen puuaineeseen saakka ja poltettava tartunnan pysäyttämiseksi. Ammattilaisen neuvojen kysyminen on suositeltavaa, jos taudin aiheuttajasta ei ole täyttä varmuutta omien havaintojen perusteella.
