Zimné obdobie predstavuje pre magnólie skúšku odolnosti, na ktorú ich musíme začať pripravovať už počas neskorého leta. Hoci dospelé jedince japonskej magnólie zvládajú stredoeurópske zimy pomerne dobre, mladé rastliny sú náchylné na extrémne výkyvy teplôt. Kombinácia silných mrazov a ostrého zimného slnka môže spôsobiť poškodenie pletív, ktoré sa prejaví až na jar. Správne prezimovanie nie je len o ochrane pred mrazom, ale aj o zabezpečení dostatku vlahy v pôde počas bezmrazových dní. Každý krok v príprave na zimu zvyšuje šancu na bohaté jarné kvitnutie bez poškodených pukov.
Mrazuvzdornosť koreňov je kľúčová, preto by sa pred príchodom prvej vlny mrazov malo okolie kmeňa dôkladne zamulčovať. Vrstva lístia, slamy alebo ihličnatej chvojky hrubá aspoň desať centimetrov vytvorí izolačný štít pre plytký koreňový systém. Tento organický kryt zároveň zabraňuje prudkému zamŕzaniu a rozmŕzaniu pôdy, čo chráni jemné vlásočnicové korienky pred roztrhnutím. Je dôležité, aby mulč nebol nahrnutý priamo na kôru kmeňa, aby sa predišlo riziku hniloby alebo poškodeniu hlodavcami. Takto pripravená báza stromu je prvým predpokladom úspešného prekonania najchladnejších mesiacov roka.
Mladé stromy, ktoré ešte nemajú dostatočne vyvinutú a zdrevnatenú kôru, vyžadujú dodatočnú ochranu nadzemnej časti. Obalenie kmeňa a spodných konárov priedušnou jutovinou alebo netkanou textíliou pomáha zmierniť vplyv mrazivého vetra. Táto ochrana tiež bráni vzniku mrazových trhlín, ktoré vznikajú pri rýchlom ohriatí kôry slnečnými lúčmi počas mrazivých dní. Treba sa vyhnúť používaniu nepriedušných materiálov, ako sú igelitové fólie, ktoré by pod sebou vytvárali kondenzovanú vlhkosť. Pravidelná kontrola stability týchto zábran počas veternej zimy je nevyhnutnou súčasťou starostlivosti o záhradu.
Špecifickým problémom magnólií v zime je fyziologické sucho, ktoré nastáva, keď rastlina nedokáže prijímať vodu zo zamrznutej zeme, ale listy ju stále odparujú. Ak je zima dlhá a suchá, je vhodné magnólie zalievať počas dní, kedy teplota vystúpi nad bod mrazu a pôda aspoň čiastočne rozmrzne. Tento úkon sa často podceňuje, no práve dostatok vlahy v bunkách pomáha stromu lepšie odolávať mrazu. Treba použiť odstátu vodu, ktorá nemá teplotný šok, a zalievať len v primeranom množstve. Týmto spôsobom predídeme oslabeniu stromu, ktoré by sa na jar prejavilo slabým rastom.
Jarný návrat do vegetácie musí byť opatrný, pričom zimnú ochranu odstraňujeme postupne až vtedy, keď pominie nebezpečenstvo najväčších mrazov. Ak magnólia začne skoro pučať, je dobré mať pripravenú textíliu na zakrytie kvetných pukov pri avizovaných nočných mrazíkoch. Práve skoré jarné oteplenie nasledované prudkým ochladením býva pre kvety japonskej magnólie najviac devastujúce. Po úplnom odznení zimy je vhodné jemne skontrolovať konáre a odstrániť tie, ktoré mráz viditeľne poškodil. Takto očistený strom je pripravený v plnej sile vstúpiť do novej sezóny a ukázať svoju krásu.
