Selv om pepperrot regnes som en av de mest hardføre vekstene i hagen, kan den angripes av spesifikke patogener og insekter som kan redusere avlingen. Å kjenne til de vanligste truslene og vite hvordan man gjenkjenner dem tidlig er en forutsetning for vellykket økologisk eller konvensjonell dyrking. Forebygging gjennom god frukthagehygiene og riktig planteavstand er ofte den mest effektive metoden for å holde problemene på avstand. Ved å observere plantene regelmessig kan man sette inn tiltak før skadene blir uopprettelige og sprer seg til hele bestanden.
Blant de vanligste soppsykdommene finner vi hvitrust, som viser seg som hvite, opphøyde pustler på undersiden av bladene og deformerte stengler. Denne sykdommen trives spesielt godt i fuktig vær og kan raskt svekke plantens evne til fotosyntese hvis den får spre seg fritt. For å begrense utbrudd bør man sørge for god luftsirkulasjon mellom plantene og unngå vanning direkte på bladverket sent på kvelden. Infiserte blader bør fjernes og destrueres umiddelbart for å stoppe smittekjeden og beskytte de friske delene av planten.
Når det gjelder insekter, er det særlig kålfluer og ulike typer jordlopper som kan skape hodebry for pepperrotentusiasten. Jordlopper lager små hull i bladene som ser ut som haglskudd, noe som i verste fall kan hemme veksten hos unge planter betydelig. Kålfluens larver kan derimot angripe selve roten og lage ganger som ødelegger strukturen og gjør den utsatt for sekundære infeksjoner av bakterier. Bruk av fiberduk i de mest kritiske periodene av insektenes livssyklus kan gi en effektiv fysisk barriere mot disse skadegjørerne.
Bakteriell bladflekksyke er en annen utfordring som kan oppstå under spesielle klimatiske forhold, og som viser seg som mørke, vannaktige flekker på bladene. Denne tilstanden sprer seg ofte med vannsprut fra regn eller uforsiktig vanning, og kan i alvorlige tilfeller føre til at hele bladverket visner prematurt. Ved å praktisere vekstskifte og ikke plante pepperrot på samme sted som andre korsblomstrede vekster har stått, reduserer man risikoen betraktelig. Det er viktig å holde jorda sunn og rik på nyttige mikroorganismer som kan konkurrere ut de skadelige bakteriene.
En helhetlig tilnærming til plantehelse innebærer også å styrke plantens eget forsvar gjennom optimal næringstilgang og riktig vannbalanse. En stresset plante er langt mer mottakelig for angrep enn en plante som vokser under ideelle forhold med god tilgang på alt den trenger. Naturlige fiender som marihøner og rovmidder bør oppmuntres i hagen, da de fungerer som en biologisk kontrollmekanisme mot mange små skadedyr. Ved å jobbe med naturen i stedet for mot den, oppnår man en mer stabil og motstandsdyktig produksjon av pepperrot.
