Pepperrot er naturlig tilpasset et kaldt klima og tåler norske vinterforhold svært godt uten behov for omfattende beskyttelsestiltak i de fleste landsdeler. Planten går inn i en dyp dvaleperiode når temperaturen synker, og dette er faktisk nødvendig for at den skal starte veksten med fornyet kraft neste vår. Den virkelige utfordringen under overvintring handler ikke om kulden i seg selv, men om fuktighetsforholdene i jorda gjennom vintermånedene. Ved å forberede vokseplassen riktig kan man sikre at røttene overlever selv de tøffeste vintrene uten skader.
Når den første frosten har svidd av bladverket, er det på tide å rydde opp rundt plantene for å fjerne potensielle overvintringsplasser for skadedyr. Man kan klippe ned de visne bladene til noen få centimeter over bakkenivå, noe som også gjør det enklere å se hvor plantene befinner seg under snøen. Hvis man bor i områder med svært lite snødekke og ekstrem barfrost, kan et lett lag med granbar eller tørt løv gi en ekstra trygghet. Dette laget fungerer som isolasjon og hindrer at jorda fryser og tiner gjentatte ganger, noe som kan være belastende for rotstokken.
For de som ønsker å høste pepperrot gjennom hele vinteren, er det mulig å dekke et område av jorda med et tykt lag isolerende materiale før frosten setter seg. Dette holder jorda myk nok til at man kan grave opp friske røtter selv i januar og februar, noe som gir tilgang på ferske råvarer året rundt. Det er viktig at dette isolasjonslaget er luftig, slik at det ikke samler seg for mye fuktighet som kan føre til råtning i toppen av roten. Mange velger også å høste en del av avlingen sent på høsten og lagre den i fuktig sand i en kald kjeller for enkel tilgang.
Lagring i sand er en tradisjonell og svært effektiv metode for å bevare pepperrotens saftighet og styrke gjennom vinterhalvåret uten at den begynner å gro. Røttene bør legges lagvis i kasser med sand som holdes lett fuktig, og plasseres i et rom med en stabil temperatur rett over frysepunktet. Ved å kontrollere fuktigheten i sanden med jevne mellomrom, forhindrer man at røttene tørker ut og blir seige før de skal brukes. Denne metoden simulerer plantens naturlige miljø i jorda, men gir gartneren full kontroll over lagringsforholdene.
Når våren kommer og jorda begynner å varmes opp, vil pepperroten være en av de første plantene som viser tegn til liv i hagen. Det er viktig å fjerne eventuell vinterdekking tidlig slik at de nye skuddene ikke blir bleke og svake under mørke forhold. Man bør også vurdere å tilføre litt lett kompost over rotkronen for å gi planten en god start på den nye vekstsesongen. Ved å respektere plantens hvileperiode og sørge for gode dreneringsforhold, vil pepperroten komme tilbake år etter år med uforminsket styrke.
