Pravidelný a odborný rez je nástrojom, ktorým formujeme budúcu podobu japonskej magnólie a udržiavame jej vitalitu na vysokej úrovni. Na rozdiel od mnohých iných okrasných drevín, magnólie znášajú radikálne zásahy pomerne ťažko, preto by sa k strihaniu malo pristupovať s rozvahou. Hlavným cieľom by malo byť odstránenie poškodených častí a podpora prirodzeného habitu bez zbytočného narúšania štruktúry stromu. Každý rez predstavuje pre rastlinu otvorenú ranu, ktorú musí zahojiť, čo odčerpáva časť jej energetických zásob. Profesionálny prístup k rezaniu magnólií sa vyznačuje minimalistickými zásahmi vykonanými v správnom čase.
Kľúčovým faktorom úspechu je správne načasovanie, ktoré sa pri magnóliách zásadne líši od väčšiny ovocných stromov. Rez sa nikdy nevykonáva v predjarí, pretože by sme sa pripravili o kvetné puky a strom by stratil príliš veľa miazgy. Ideálny čas nastáva hneď po odkvitnutí, keď rastlina začína intenzívne tvoriť nové listy a výhonky. V tomto období rany najrýchlejšie zasychajú a strom má celú sezónu na to, aby zacelil miesta po reze. Neskorý letný rez sa neodporúča, pretože stimuluje rast nových častí, ktoré by nestihli pred zimou zdrevnatieť.
Pri práci s magnóliou je nevyhnutné používať kvalitné a perfektne nabrúsené náradie, ktoré zanecháva hladké rezy bez rozstrapkaných okrajov. Tupé nožnice môžu spôsobiť rozdrvenie pletív, čo výrazne predlžuje proces hojenia a zvyšuje riziko infekcie. Tenšie vetvičky sa odstraňujú záhradníckymi nožnicami, zatiaľ čo pri hrubších konároch je lepšie použiť ostrú pílku. Rezy by mali byť vedené tesne nad zdravým púčikom smerujúcim von z koruny, aby sa zachovala jej vzdušnosť. Po každom väčšom zásahu je vhodné použiť štepársky vosk alebo balzam na ošetrenie rán, čím zabránime vstupu patogénov do pletív.
Výchovný rez mladých stromov sa zameriava na vytvorenie pevnej kostry a odstránenie konkurenčných výhonkov, ktoré by v budúcnosti deformovali korunu. U dospelých jedincov sa sústredíme skôr na takzvaný zdravotný rez, pri ktorom odstraňujeme suché, choré alebo krížiace sa konáre. Staršie stromy môžu profitovať z mierneho presvetlenia koruny, ak je príliš hustá a bráni prístupu svetla do vnútrajška stromu. Vždy platí zásada, že radšej odstránime menej ako viac, aby sme zachovali majestátny vzhľad, ktorým je tento druh typický. Harmonický rast bez zbytočných zásahov je to, čo robí japonskú magnóliu skutočnou kráľovnou jarných záhrad.