Utrzymanie jałowców w dobrej kondycji zdrowotnej wymaga od ogrodnika czujności oraz systematycznej obserwacji pędów i igieł. Większość problemów zdrowotnych wynika z niewłaściwych warunków uprawy, które osłabiają naturalną odporność rośliny na infekcje. Regularne przeglądy pozwalają na wczesne wykrycie pierwszych objawów żerowania owadów lub rozwoju groźnych infekcji grzybowych. Zapobieganie jest zawsze bardziej skuteczne i mniej kosztowne niż późniejsza walka z bardzo zaawansowaną chorobą.
Jednym z najczęstszych problemów grzybowych atakujących ten gatunek jest osutka, która objawia się żółknięciem i opadaniem igieł. Rozwojowi tej choroby sprzyja duża wilgotność powietrza oraz zbyt gęste sadzenie krzewów, co ogranicza cyrkulację powietrza. W przypadku zauważenia objawów należy niezwłocznie usunąć porażone części i zastosować odpowiedni preparat grzybobójczy. Ważne jest, aby opryski wykonywać dokładnie, docierając z preparatem również do wnętrza gęstej korony krzewu.
Fytoftoroza to kolejna groźna choroba odglebowa, która atakuje system korzeniowy i prowadzi do nagłego więdnięcia całych roślin. Objawia się ona brązowieniem pędów u nasady oraz charakterystycznym zapachem zgnilizny wydobywającym się z mokrej ziemi. Najlepszą metodą walki z tą przypadłością jest dbanie o odpowiedni drenaż i unikanie sadzenia jałowców w miejscach podmokłych. Jeśli roślina zostanie silnie porażona, zazwyczaj jedynym wyjściem jest jej usunięcie i zutylizowanie, aby nie zarazić innych okazów.
Wśród szkodników najczęściej spotykanym gościem na jałowcach łuskowatych są przędziorki, czyli mikroskopijne pajączki żerujące na igłach. Ich obecność można rozpoznać po delikatnych pajęczynkach oraz jasnych plamkach pojawiających się na powierzchni zielonych części rośliny. Szkodniki te szczególnie chętnie atakują w czasie suchych i gorących letnich dni, gdy wilgotność powietrza jest bardzo niska. Regularne zraszanie krzewów czystą wodą może w znacznym stopniu ograniczyć populację tych nieproszonych i uciążliwych gości.
Mszyce i miseczniki to kolejne owady, które mogą osłabiać kondycję jałowca poprzez wysysanie soków z młodych, miękkich pędów. Ich obecność często objawia się lepkim nalotem na igłach, który jest idealną pożywką dla rozwoju grzybów sadzakowych. W walce ze szkodnikami warto w pierwszej kolejności sięgać po metody ekologiczne, takie jak opryski z wywarów roślinnych. Dopiero gdy metody naturalne okażą się niewystarczające, należy rozważyć użycie specjalistycznych środków chemicznych dostępnych w sklepach ogrodniczych.